Η λιμνοθάλασσα της Γιάλοβας είναι ένα μέρος με τεράστια οικολογική σημασία. Όλη η περιοχή, μαζί με τον όρμο του Ναυαρίνου και τη νήσο Σφακτηρία, εντάσσεται στο δίκτυο Natura 2000, ενώ έχει χαρακτηριστεί ως Ζώνη Ειδικής Προστασίας και ως Τόπος Κοινοτικής Σημασίας.

Η λιμνοθάλασσα της Γιάλοβας αποτελεί καταφύγιο άγριας ζωής ιδιαίτερα των μεταναστευτικών πτηνών, που κάνουν εδώ τον πρώτο τους σταθμό ταξιδεύοντας από την Αφρική για τη Βόρεια Ευρώπη. Ενδεικτικά αναφέρουμε μερικά από τα 254 είδη πουλιών που βρίσκουν καταφύγιο ή παραμένουν στην περιοχή μόνο για λίγες ώρες για να ξεκουραστούν όπως ερωδιοί, κορμοράνοι, κιρκινέζια, φοινικόπτερα (φλαμίνγκο), διαφορά είδη αετών, καλαμοκανάδες, αλκυόνες, κύκνοι, χαλκόκοτες, πετρίτες, όρνεα, κουκουβάγιες, μπούφοι, κοτσύφια, καρδερίνες, φλώροι, τσαλαπετεινοί, κα.

Επίσης, πολλά θηλαστικά, ερπετά, αμφίβια και ψάρια έχουν εδώ τον βιότοπό τους, με κυριότερο το σπανιότατο είδος σε όλη την Ευρώπη, τον αφρικανικό χαμαιλέοντα, που θεωρείται είδος υπό εξαφάνιση.